福建中医药大学海外教育学院、国际合作与交流处、港澳台事务办公室是学校从事对外对港澳台交流与合作及海外教育工作的专门机构。
1987年9月,为了发展学校的对外交流工作,我校在省属高校中率先成立了“对外事务办公室”,挂靠在院长办公室;1989年初,学校成立了“台湾中医药事务办公室”,依然隶属于院长办公室;1990年初,“对外事务办公室”、“台湾中医药事务办公室”从院长办公室分离并以处级单位建制,正式成为学校外事和港澳台工作的专门机构;根据海外教育事业的实际需要,1994年经福建省政府批准学校成立了海外中医药学院;在行政机制上是外办、港澳台办、海外中医药学院 “三块牌子一套人马”;1996年5月,海外中医药学院更名为海外教育学院,下设办公室、教务科和学生科等职能科室,形成了“招生-教育-管理-后勤保障”一条龙服务的格局,实现了归口管理。
2005年4月,为了顺应外事、台事工作的不断发展和变化,并与上级主管行政机构以及全国高校同类机构的名称保持一致,将对外事务办公室更名为国际合作与交流处,台湾中医药事务办公室更名为港澳台事务办公室,更名后原隶属关系、规格均不变。目前,仍执行“三块牌子一套人马”的行政架构,内设办公室、学生科、教务科、培训部(教研室)等职能科室。