福建中医药大学的海外教育始于1986年，是全国最早开展对台教育和享有对台单独招生政策的中医药高等院校之一。1996年学校成立海外教育学院，负责海外教育招生、教学和后勤管理。在长期的海外教育办学实践中，学院始终坚持宽进严出、因材施教、与时俱进的办学原则，不断探索海外教育人才培养模式，适时地调整教学计划；并依托学校雄厚的师资力量，选派政治素质好、业务能力强、教学经验丰富的专任教师为海外学生授课。目前，学院已形成博士、硕士、学士、短期培训等多层次、多形式的海外教育格局。对台教育成为学校主要的办学特色之一。

自我校开展海外教育以来，来自世界各国各地区的一大批莘莘学子纷纷来校求学。现有各类在校海外学生300多名。许多毕业生在其所在地区和国家的中医药界发挥着重要作用，为弘扬中医药传统医学和文化做出了积极的贡献。

近年来，学校的对外、对港澳台交流与合作取得长足的发展，与20多个国家和地区建立起较为密切的联系，外向型氛围日益浓厚。学校先后与澳大利亚、马来西亚、新加坡、瑞典、芬兰、台湾等多个海外院所和机构签订了合作办学协议，项目涉及本科、硕士、博士等各个层次。为进一步推动学校国际化进程，扩大学生视野，培养外向型中医药人才，2009年学校全面启动在校学生海外学习经历项目。此外，学校还积极引进海外优质教育资源、智力资源、科技资源，形成了教育、医疗、科研、产业开发等全方位的对外中医药交流与合作格局。